非社員である者(役員)は存在するが、社員が一人も存在しない状況である場合、社員の欠亡を理由として解散をすることができます。この場合において、法務局で解散登記をする際は、社員の欠亡を証明する書類(全社員の退会届等)が必要となります。

また、目的とする特定非営利活動に係る成功の不能を理由として、所轄庁にて当該事由について認定された場合は、解散をすることができます。 この場合、成功の不能を証明する書類を所轄庁に提出する必要があります。なお、所轄庁の認定後、法務局において解散登記を行う際には、 成功の不能を証明する書面及び所轄庁の認定書が必要となります。

逆に、社員は存在するが、役員が一人も存在しない状況である場合は、定款に基づく社員総会の開催（役員の選任）や解散登記等も出来ない状況であり、これによって、法人運営が停滞することはもとより取引をする相手方にも損害を生じさせる恐れもあることから、法第17条の３に基づき、まずは所轄庁に仮理事を選任してもらい、社員総会を招集し、新たな役員を選任した上で、解散議決を得ることが考えられます。

新設合併に際して、所轄庁に提出する書類は次のとおりです。

1. 合併認証申請書
2. 社員総会の議事録の謄本
3. 定款
4. 役員名簿(役員の氏名及び住所又は居所並びに各役員についての報酬の有無を記載した名簿)
5. 役員の就任承諾及び誓約書の謄本
6. 各役員の住所又は居所を証する書面
7. 社員のうち10人以上の者の氏名及び住所又は居所を記載した書面
8. 宗教活動・政治活動の制限等(法２【2】二)及び暴力団の統制下にないこと等(法12【1】三)に該当する旨の確認書
9. 合併趣旨書
10. 合併の初年(度)及び翌年(度)の事業計画書
11. 合併の初年(度)及び翌年(度)の活動予算書

貸借対照表及び財産目録は、合併後存続するNPO法人及び合併によって消滅するNPO法人(合併によってNPO法人を設立する場合にあっては、合併によって消滅する各NPO法人)が作成することが必要です。これは、債権者の保護のためには、合併前の各法人の資産の状況を明確にしておくことが必要だからです。

また、作成された貸借対照表及び財産目録については、合併するそれぞれの法人の事務所に備え置くこととなります。

電子公告制度の導入のための商法等の一部を改正する法律(平成16年法律第87号)が平成17年２月１日から施行され、これまで官報か時事に関する日刊新聞紙に限定されていた公告方法に加え、インターネットを利用して公告を行うことが可能となりました。このため、電子公告の方法をもって公告を行う旨を定款に定めておけば、インターネットのみによる公告も認められます。

なお、公告方法が電子公告である場合には、事故その他やむを得ない事由によって電子公告による公告ができない場合の公告方法(官報または日刊新聞紙のいずれか)を 定款に定めることができます。

組登令第８条の規定により、合併の認可その他合併に必要な手続が終了した日から主たる事務所の所在地において２週間以内に以下の登記を行うこととなります。

1. 合併により消滅した法人については、主たる事務所の所在地で解散の登記
2. 合併後存続する法人については、主たる事務所の所在地で変更の登記
3. 合併により設立する法人については、主たる事務所の所在地で設立の登記

また、登記を行わなかった場合には、法第39条第２項において準用する法第13条第３項の規定により、所轄庁から合併の認証を取り消される場合があります。

法第14条の７第２項における書面または代理人による表決は、毎年１回開催される通常総会だけではなく、法人の合併、解散時の総会においても同様に認められます。