法第11条第２項において、「設立当初の役員は定款で定めなければならない。」と規定されており、これは設立当初の定款に一度記載すれば足りるものではなく、一般的には、定款の附則において、掲載し続けることとなります。

定款の附則の性質から、削除等は好ましいものではありませんが、質問のケースの事項については、法に定められていない任意的記載事項ですので、削除等は可能と考えます。

変更する事項が法第25条第３項に定める認証事項に該当するのか、同条第６項の届出事項に該当するのかによって変わります。

「理事長は、この法人を代表し、その業務を総理する」などの定めが考えられます。また、誤解等を避けるため、「理事長以外の理事は、法人の業務についてこの法人を代表しない」という規定を置くことが望ましいと考えらます。

所轄庁の変更を伴う場合とは、例えば、ある指定都市にのみ事務所を有する法人(所轄庁は当該指定都市の長)が当該指定都市外に事務所を増設した場合 (所轄庁は当該指定都市が所在する道府県知事に変更されます)や、東京都にのみ事務所を有する法人が神奈川県に事務所を移設した場合(所轄庁は神奈川県知事)ですが、このような場合には、法人は、変更前の所轄庁を経由して、変更後の所轄庁に認証申請書を提出します(法26【1】)。

定款変更の認証を行うのは変更後の所轄庁ですので、申請書の様式や部数などについては、変更後の所轄庁の定めに従う必要があります。
提出する書類は、次のとおりです(法25【4】、26【2】)。

1. 定款変更認証申請書
2. 定款の変更を議決した社員総会の議事録の謄本
3. 変更後の定款
4. 役員名簿(最新のもの)
5. 宗教活動・政治活動の制限等(法２【2】二)及び暴力団の統制下にないこと等(法12【1】三)に該当する旨の確認書
6. 直近の事業報告書
7. 直近の活動計算書
8. 直近の貸借対照表
9. 直近の財産目録
10. 年間役員名簿
11. 直近の事業年度末日における社員のうち10人以上の者の氏名及び住所又は居所を記載した書面

なお、7. 8. 及び 9. については、設立又は合併の直後で、法第28条第１項の事業報告書等が作成されるまでの間は、設立当初又は合併時及び翌事業年度の事業計画書及び活動予算書、設立当初又は合併時の財産目録で代替することができます。
認証後の手続は、所轄庁の変更を伴わない場合と同様です。

所轄庁の変更を伴わない場合には、社員総会で議決した後、所轄庁に定款変更の認証申請書を提出します。

提出する書類は、次のとおりです(法25【4】)。

1. 定款変更認証申請書
2. 定款の変更を議決した社員総会の議事録の謄本
3. 変更後の定款

申請を受理した所轄庁は、設立認証と同様に、申請があった旨等をインターネットの利用（公報への掲載でも可）により公表し、定款等を受理した日から２週間縦覧に供し、縦覧期間経過後２カ月以内に、認証又は不認証の決定を行う必要があります(法25【5】)。

定款変更については、認証を受けた段階で効力を有することとなります。ただし、変更された事項に登記事項が含まれている場合、事務所の所在地の変更などは、登記を変更することが必要となります。登記しないと、それを第三者に主張（法令用語では「対抗」）することができません。変更の登記は、主たる事務所の所在地において定款変更の認証を受けてから２週間以内に行う必要があります(組登令３【1】)。

定款を変更するためには、所轄庁の認証を受けなければなりませんが、次のような事項については、社員総会での議決後、所轄庁にその内容を届け出るだけでよく、所轄庁の認証は必要ありません(法25【3】)。

1. 所轄庁の変更を伴わない事務所の所在地の変更
   所轄庁の変更を伴わない事務所の所在地の変更とは、例えば、千葉市内にしか事務所を持たない法人(所轄庁は千葉市)が、同じ市内に事務所を増設した場合や、神奈川県に主たる事務所を有する法人(所轄庁は神奈川県)が、埼玉県に事務所を増設した場合などです。
2. 役員の定数に関する事項
3. 資産に関する事項
4. 会計に関する事項
5. 事業年度
6. 残余財産の帰属すべき者に係るものを除く解散に関する事項
7. 公告の方法に関する事項

これらの届出だけで変更できる事項に関しては定款の変更を決定した時点で効力が発生します。ただし、登記事項に該当する事項(具体的には事務所の所在地の変更)については、主たる事務所の所在地において登記の変更をしなくてはなりませんので、注意が必要です。

届出事項と認証事項が混在する定款変更を行う場合、所轄庁へは、変更届出書と変更認証申請書を別々に提出しても、変更認証申請書としてまとめて提出してもどちらでも構いません。ただし、その変更の効力発生日は前者と後者では異なり、前者の場合、届出事項は総会決議された日、認証事項は認証を受けた日となりますが、後者の場合は、認証申請された定款全体を認証することから、届出事項を含めてその認証を受けた日となります。

このため、届出事項について定款の効力を直ぐに生じさせたい場合には、まず定款変更届出書を提出し、その後、当該届出項目以外について認証申請をすることになります。

法第25条第２項の規定により、定款の変更に係る社員総会の議決は、社員総数の二分の一以上が出席し、かつ出席者の四分の三以上の多数をもってなされることが 原則ですが、定款に特別の定めがあるときは、この限りではないとされています。

定款でこの議決要件を緩和する場合、出席者の過半数を要件とする、一般的な普通決議の要件までは軽減が可能であると考えます。

作成する計算書類を収支計算書から活動計算書に変更する際には、総会においてその旨の議決を経て定款変更を行い、その上で活動計算書を所轄庁に提出することになります。定款の変更のうち、「会計に関する事項」は、総会の議決後効力が発生するのに対し、「会議に関する事項」については、法第25条第３項により、所轄庁の認証を受けなければ効力が発生しないこととされております。

したがって、厳密に解釈すれば、最初に、「会議に関する事項」についての定款変更を行い、所轄庁の認証を受けて効力が発生した上で、前年度の「活動計算書」を総会で決議すべきではないかと考えられます。

しかし、法第27条において、計算書類の１つとして、活動計算書と明記していることを踏まえると、収支計算書から活動計算書に変更することは法の要請に基づく当然のことであると考えられることから、総会の議決後効力が直ちに発生し、所轄庁の認証を待たずとも活動計算書を提出して差支えありません。ただし、定款変更については、「会計に関する事項」の変更に関する届出とともに、「会議に関する事項」として総会若しくは理事会の議決事項に掲げられている 「収支予算(決算)」の変更に関する認証申請が、所轄庁に対してなされている必要がある点にはご留意ください。

なお、平成23年改正法附則第６条では、活動計算書に関する経過措置が規定されており、「当分の間、活動計算書に代えて、収支計算書を作成し、据え置くことができる。」 とされていることから、定款の変更をせずに、収支計算書を提出した場合には、所轄庁は、収支計算書を活動計算書とみなして取り扱うことになります。

定款並びに認証及び登記に関する書類の写しについては、法第28条第２項の規定により、事務所に備え置くことが義務付けられています。

法第29条でNPO法人に所轄庁に対する提出義務が課されている書類は法第28条第１項で規定されている「事業報告書等」ですので、定款等については毎年提出する義務はありません。

NPO法人の民主的な運営を確保する観点から、社員の表決権は原則として平等とされています。（法14‐7【1】）

ただし、認証NPO法人については、法第14条の7第1項の規定は、同法同条第4項により、定款で別段の定めがある場合には、適用しないこととされており、表決権については、定款で定めれば平等でないこととすることができます。
したがって、不平等が極端な場合を除き、定款で「ある種の社員については表決権を２票とする」といった定めが可能となります。（法14‐7【4】）

なお、税制優遇措置を有する認定NPO法人については、各社員の表決権が平等であることが認定基準となっていることに留意が必要です。（法45【1】三ロ）