NPO法人の認証や認定、特例認定、監督権限を持つ行政機関を指します。
所轄庁は原則として主たる事務所が所在する都道府県知事となりますが、その事務所が一の指定都市の区域内のみに所在する場合は、当該指定都市の長となります(法９)。

法第９条の規定により、所轄庁は１の政令市の区域内のみに事務所が所在する法人については当該指定都市の長、それ以外の法人については主たる事務所が所在する都道府県の知事になります。所轄庁は主たる事務所の所在地で判断され、活動の場所は所轄庁の決定の要素とはならないので、この場合は政令市となります。

法第９条の規定により、所轄庁は１の政令市の区域内のみに事務所が所在する法人については当該指定都市の長、それ以外の法人については主たる事務所が所在する都道府県の知事になります。海外に事務所を置いている団体についても、日本国内の事務所の所在で所轄庁を決めることになりますので、主たる事務所の所在地で判断することとなります。