(1) 次の場合には、認定又は特例認定が取り消されることとなります(法67【1】)。

• イ 欠格事由(認定等を取り消され、その取消しの日から５年を経過しないものを除きます)のいずれかに該当するとき
• ロ 偽りその他不正の手段により認定、特例認定、認定の有効期間の更新又は合併の認定を受けたとき
• ハ 正当な理由がなく、所轄庁又は所轄庁以外の関係知事による命令に従わないとき
• ニ 認定NPO法人等から認定又は特例認定の取消しの申請があったとき

(2) 次の場合には、所轄庁は認定又は特例認定を取り消すことができます(法67【2】)。

• イ 法第45条第1項第3号、第4号イ若しくはロ又は第7号に掲げる認定基準等に適合しなくなったとき
• ロ 法第29条の事業報告書等の提出、法第52条第4項又は第54条第4項の閲覧の規定を遵守していないとき
• ハ 上記【2】イ及びロに掲げるもののほか、法令又は法令に基づいてする行政庁の処分に違反したとき

認定の基準等に適合しなくなった場合や事業報告書等を所轄庁に提出していないなどの義務違反があった場合には、所轄庁は認定等を取り消すことができるとされています(法67【2】)。

通常、認定基準等を回復することが十分に期待される場合や、義務違反行為を発生させるに至ったものの、再発防止策や法令遵守体制の整備が十分に講じられ、今後の是正が十分期待しうるような場合には勧告、命令等が措置され事後の適正な発展を期することとなりますが、認定NPO法人等の行為等が著しく悪質である等の場合には勧告、命令等の段階的な処分を前置することなく認定等を取り消されることがあります。

役員の親族割合基準を満たさない場合には、所轄庁は認定等を取り消すことができるとされています(法67【2】)。

なお、何らかの理由で理事が欠けた場合に、結果として親族割合が変動してしまう場合などが考えられ、そのような場合には法人の努力や所轄庁の指導監督で改善が期待されることが少なくないことから、事態の度合いに応じて所轄庁が取消しの必要性を判断することとなります。